Archiv Židovského muzea v Praze spravuje v současné době téměř 1000 bm archiválií. Hlavní část tvoří archivy jednotlivých židovských náboženských obcí Čech a Moravy. Jsou zde rovněž uloženy fondy některých židovských spolků a organizací a sbírka osobních pozůstalostí. Součástí archivu je i menší sbírka patentů a cirkulářů, sbírka pečetidel a sbírka hudebnin.V archivu je rovněž uložena dokumentace k jednotlivým židovským obcím, která obsahuje fotografie synagog, ghet a hřbitovů, zprávy o průzkumu těchto památek v terénu a odkazy na literaturu, případně na další prameny k dějinám židovského osídlení v daném místě.